益生菌需要吸收特定的养分（食物）供给其生长及繁殖，过程中会产生多种代谢产物（排泄物），这些代谢产物，对于人类、其他动、植物，甚至是其它的菌株，可能是有帮助的，但对于益生菌自身而言，却可能有毒害或是抑制生长的作用。益生菌如果未经特殊处理，于常温下通常属于活跃的状态，所有的生理作用持续进行，若处于特定独立的系统内（例如已经包装好的产品），时间久了，一方面供给益生菌生长所需要的养分消耗殆尽，另一方面益生菌自身产生的代谢物过多，造成活菌的大量死亡，造成了益生菌产品保存上的困难。
微生物共生技术，是利用性质互补的益生菌，同是存在于特定独立系统中，除了可以发挥本身的功效外，并可以提供其他益生菌所需要的养分，或是消耗其他益生菌的代谢物。简单的举例，A菌的代谢物（排泄物）是B菌的食物（养分），B菌的代谢物（排泄物）是A菌的养分（食物），当A菌及B菌同时存在，洽可维持A、B两菌的生态。
利用微生物共生技术，可以将更多不同的益生菌同是存在于产品中，使产品功能更全面，，并因为提供可稳定的益生菌生存条件，使得各别益生菌的功效更强大。
