益生菌需要吸收特定的養分（食物）供給其生長及繁殖，過程中會產生多種代謝產物（排泄物），這些代謝產物，對於人類、其他動、植物，甚至是其它的菌株，可能是有幫助的，但對於益生菌自身而言，卻可能有毒害或是抑制生長的作用。益生菌如果未經特殊處理，於常溫下通常屬於活躍的狀態，所有的生理作用持續進行，若處於特定獨立的系統內（例如已經包裝好的產品），時間久了，一方面供給益生菌生長所需要的養分消耗殆盡，另一方面益生菌自身產生的代謝物過多，造成活菌的大量死亡，造成了益生菌產品保存上的困難。
微生物共生技術，是利用性質互補的益生菌，同是存在於特定獨立系統中，除了可以發揮本身的功效外，並可以提供其他益生菌所需要的養分，或是消耗其他益生菌的代謝物。簡單的舉例，A菌的代謝物（排泄物）是B菌的食物（養分），B菌的代謝物（排泄物）是A菌的養分（食物），當A菌及B菌同時存在，洽可維持A、B兩菌的生態。
利用微生物共生技術，可以將更多不同的益生菌同是存在於產品中，使產品功能更全面，，並因為提供可穩定的益生菌生存條件，使得各別益生菌的功效更強大。
